高新技术企业申请中面临的主要问题是证实企业研发费用的真实性。《高新认定管理办法》对于高新技术企业近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例有严格的要求，该项指标是主管机关认定高新技术企业的一项核心指标。在高新申报资料中，近三年的《企业年度研究开发费用结构明细表》和近三年研发费用专项审计报告用来证明企业研发费用的真实性。建议企业对每个研发项目的研发费用作专账管理，或者计入辅助账，以反映企业研发费用的支出情况，为企业研发费用归集的准确性和可靠性提供更有力的支持。

       不同的科技企业在高新资格认定和复审过程中面临的问题不尽相同。因而，企业应当结合自身的实际情况和行业特点，制定针对性应对策略，以确保企业符合高新技术企业认定的各项认定标准。企业需注意购销合同的销售方必须是企业自己。技术转让合同证明效力更大，其次是技术服务合同，后是技术开发合同，技术咨询合同无效。第三方检测报告证明效力更大，其次是企业自己出的检测或工艺报告。植物新品种和省级以上农作物审定(鉴定)证书均可作为技术成果的体现。

申报认定国家高新技术企业的好处：享受税收减免优惠政策。凡经认定的高新技术企业，其企业所得税税率由原来的25%降为15%。国家科研经费支持和财政拨款。经认定的高新技术企业可凭批准文件和《高新技术企业认定证书》的办理享受国家、省、市有关优惠政策，更容易获得国家、省、市各级的科研经费支持和财政拨款；高新技术企业称号将会是众多政策性优惠（如资金扶持等）的一个基本门槛。

国家高新技术企业认定申报，是一项专业性很强的申报工作，特别是研发费用的归集和研发费用台账的建立，还有材料撰写，都是难点，需要专业的、懂得评审专家口味的项目申报代理机构来完成，如果由企业单独来操作，可能会浪费了许多时间与精力而不得其所。建议可以与专业的高新技术企业认定申报代理机构合作，在他们专业的辅导下，往往能收到事半功倍的效果，将大大提高高新技术企业认定申报成功率。