高新技术企业申请中面临的主要问题是证实企业研发费用的真实性。《高新认定管理办法》对于高新技术企业近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例有严格的要求，该项指标是主管机关认定高新技术企业的一项核心指标。在高新申报资料中，近三年的《企业年度研究开发费用结构明细表》和近三年研发费用专项审计报告用来证明企业研发费用的真实性。建议企业对每个研发项目的研发费用作专账管理，或者计入辅助账，以反映企业研发费用的支出情况，为企业研发费用归集的准确性和可靠性提供更有力的支持。

高新技术企业年报，通过“高新技术企业认定管理工作网”登陆进入企业年报模块，在线如实填报《高新技术企业发展情况报表》。填报时间为每年上半年5月底左右。两年不申报，高新技术企业资格取消。科技部火炬统计高新技术企业年报，（数据详细要求严格，严格按照高新技术企业标准来立项，归集研发和人员。若不按照高新技术企业要求建账，很多数据没有办法填写）系统中填报完成待区、市审核通过后，企业打印纸质报表一式两份（签字、盖章）上报到区科技局。

科技成果来源的可以考虑提供的材料：如三年内购入或出售技术成果的正式技术合同、近三年研发项目编号（取自申报表中二项目编号）、三年之前的成果、专利等

成果形成的产品可考虑提供的材料：如新产品证书、新产品检测报告、新产品新技术鉴定验收证书、新产品查新报告、新产品销售证明、生产登记批准书等

成果形成服务可考虑提供的材料：如销售合同、发1票、用户意见、收入1证明等。

成果形成样品、样机可考虑提供的材料：如检测报告、实物照片等。

备注：一项新产品可能是多项科技成果的转化结果，可逐一填写。